Ernst Boll studierte in Berlin und Bonn Theologie und Naturwissenschaften. 1842 arbeitete er zunächst als Hauslehrer in Friedland. Er wurde 1847 Mitbegründer des Vereins der Freunde der Naturgeschichte und von 1847 bis 1866 Herausgeber und Autor der Zeitschrift "Archiv des Vereins der Freunde der Naturgeschichte in Mecklenburg".

Sein Interesse galt aber auch der Geologie, Meteorologie und Petrographie, der Pflanzen- und Tierwelt. Boll wirkte 1848 in der oppositionellen Reformvereinsbewegung Neubrandenburgs mit.
Ernst Boll schrieb die bedeutenden Werke "Geschichte Mecklenburgs, mit besonderer Berücksichtigung der Culturgeschichte" und "Abriss der mecklenburgischen Landeskunde".